Instytut Badawczy Leśnictwa wykonuje wszechstronne badania na rzecz lasów i całego leśnictwa, jak również terenów zalesionych i zadrzewień. Badania IBL ,prace studialne i ekspertyzy wspomagają nauki leśne, gospodarkę leśną i instytucje rządowe. Biblioteka IBL od 75 lat gromadzi piśmiennictwo leśne, zaś jej zasoby są największe w tej części Europy.

Instytut Dendrologii wywodzi się z Zakładu Badania Drzew i Lasu pod nazwą: Dział Dendrologii i Pomologii powołanego w kwietniu 1933 roku przez Kuratorium Fundacji „Zakłady Kórnickie” . Od 1952 roku Instytut działa w strukturze Polskiej Akademii Nauk (PAN), w tym od 1975 roku pod obecną nazwą. Prace prowadzone w Instytucie mają przeważnie charakter badań podstawowych, szczególnie z zakresu systematyki, genetyki i fizjologii roślin drzewiastych. Realizowane są również takie badania, których wyniki mają znaczenie praktyczne.

Instytut Ochrony Przyrody PAN w Krakowie jest placówką interdyscyplinarną, przynależną do II Wydziału Nauk Biologicznych PAN.Realizowana jest wniej problematyka z zakresu i ekologii i biologii konserwatorskiej (concervation biology), jak też geologii konserwatorskiej (geological and geomorphological conservation). Podstawowym zadaniem Instytutu jest tworzenie naukowych podstaw ochrony przyrody i środowiska przyrodniczego.

W 1953 r. powołano ZAKŁAD BOTANIKI PAN jako samodzielną, ogólnopolską placówkę naukowo-badawczą z siedzibą w Krakowie. W późniejszym czasie jednostka przekształciła się w INSTYTUT zajmujący się badaniami podstawowymi i szeroko rozumianą tematyką aplikacyjną dotyczącą zagadnień botanicznych.

Instytut Ochrony Środowiska powołany został w 1986 roku. Podstawym przedmiotem działania Instytutu jest opracowywanie naukowych i technicznych podstaw ochrony środowiska oraz polityki państwa w tym zakresie. Instytut Ochrony Środowiska jest instytutem resortowym, nadzorowanym przez Ministerstwo Środowiska. Ważnym przedmiotem działania IOŚ są kompleksowe badania środowiska, integrujące badania prowadzone w większości pól badawczych.

Instytut Technologii Drewna jest jedyną w kraju jednostką naukowo-badawczą zajmującą się w sposób kompleksowy przerobem drewna, jego zastosowaniem i tworzeniem nowych kompozytów opartych na drewnie. Realizuje badania zmierzające do wytworzenia nowoczesnych materiałów, udoskonalania technologii produkcji i technik obróbki.